Александр, теперь моя очередь извинятся. Ничего исправлять не нужно.
Прошивку я перезалил, а частоты кварцев не откалибровал, вот "математика" и разъехалась.
После калибровки всё стало на свои места.
Оптический энкодер подключился и работает без проблем. Единственно, что у моего слишком много шагов на один оборот - 360, КМК шагов 100 будет оптимально.