Если на стоках такой хороший сигнал, а после транса остаются только всплески от фронтов нарастания, то что-то с трансом не так.
Можно вашу схему? В чём заключаются изменения?
Случайно не в удалении симметрирующего трансформатора питания стоков?
Возможно сердечник перемагничивается постоянной составляющей.